Medžlis Islamske Zajednice Vinkovci je najmlađi Medžlis u Slavoniji. Vinkovci su administrativni i  regionalni centar ovog dijela hrvatske i dugo se osjećala potreba institucionalnog prisustva Islamske Zajednice u Vinkovcima. Muslimane Vinkovaca su opsluživali uglavnom imami iz Orašja i Brčkog.  Jednom prilikom na mevludu u Gunji, imam Idriz ef. Bešić je uputio muslimane Vinkovaca na Osijek i imama Enes ef. Poljića. Oni su stupili s njim u kontakt, razvila se suradnja i oni  su postali dio Islamske Zajednice u Osijeku. Za vrijeme Domovinskog rata kada su Vinkovci sustavno granatirani, nitko nije dolazio u Vinkovce.  Obratili su se novoosnovanom Mešihatu Islamske Zajednice Hrvatske i Slovenije u Zagrebu koji je pristupio dugoročnom rješavanju problema vinkovačkih muslimana. Pronađen je adekvatan prostor i Mešihat je sa  Općinom Vinkovci – Sekretarijat za uređenje prostora, sklopio Ugovor o Zakupu Poslovnih prostorija u    ulici Hrvatskih kraljeva broj 76. za period od deset godina, uz mjesečnu zakupninu od 5.800.00 tadašnjih dinara. Mešihat će o svom trošku izvršiti rekonstrukciju prostorija, a za visinu uloženih sredstava bi bio oslobođen zakupnine. U ime Mešihata  kao zakupoprimca, ugovor je potpisao tajnik hadži Ahmed Ikanović, a u ime Općine Vinkovci kao zakupodavca Sekretar Željko Markasović dipl. ing Arhitekture.

Međutim ovaj objekt je granatiran i potpuno uništen i muslimani su morali pristupiti drugom rješenju. U međuvremenu mešihat je zadužio imama u Gunji Idriz ef. Bešića da preuzme džemat Vinkovce, tamo organizira vjersku pouku i organizira džemat. Idriz ef. je okupio muslimane, organizirao redovnu  islamsku vjeronauku u Petoj osnovnoj školi gdje se okupljalo do 27 polaznika islamske vjeronauke. Za najbliže suradnike je uzeo Abdulaha pezerovića i Sameda Bedžeti i Redžepa Gušani. Ovaj džemat je lijepo krenuo s radom i upornošću, posebno Abdulaha Pezerovića – Avdije, koji je uporno ''pritiskao'' i ''dosađivao'' kako Idriz efendiji, tako i Predsjedniku Mešihata Ševki efendiji Omerbašiću koji  se angažirao i kako je govorio ''da skine Avdiju s vrata'' u suradnji sa veleposlanikom Islamske Republike Iran pronašao sponzora, i kupio od Behdžeta Gušanija kuću s prikladnim pratećim objektima za potrebe Islamske Zajednice. Kuća i prateći objekti su adaptirani i stavljeni u funkciju.

Mesdžid u Vinkovcima je svečano otvoren 27, lipnja 1998. godine, odnosno 03. rebiul ewela 1419. hidžretske godine. U to vrijeme je za imama u Vinkovce došao mladi svršenik Zagrebačke medrese Haris ef. Bošnjaković. Vinkovački muslimani nisu mogli sami uzdržavati imama, pa je mjesto bilo upražnjeno, a džume namaz su klanjali imami i svršenici medresa iz Orašja, Brčkog i Gunje. U međuvremenu je Muftija Ševko Omerbašić odlučio da džemat Vinkovce ponovo vrati Medžlisu Islamske Zajednice Osijek. Struktura muslimana ovog džemata je nacionalno heterogena, čine je Albanci, Bošnjaci i Romi. Iz Vinkovaca je Zagrebačku medresu završio Mirza ef. Delić, a Abdulah – Avdija Pezerović je 2006. godine obavio hadž. Novom preraspodjelom nadležnosti džemat Vinkovci je ponovo u sastavu Medžlisa Islamske zajednice Gunja. Do osmog mjeseca 2007. godine imam u Vinkovcima je bio Adin ef. Hrustić, kada je prešao u Gunju.