Selo Gunja prvi put se spominje 1428. godine kao posjed koji je pripadao  alšanskim plemićima. U mjesecu srpnju 1529. godine Turci osvajaju ove krajeve.

Gunja je 1537. godine, nakon ukidanja podjele na županije i stvaranje Srijemskog pašaluka sa stvaranjem u Iloku i Srijemskoj Mitrovici, koji je imao osam kotareva, potpala pod Morovićki kotar. Tako je bilo sve do 1697. kada su Turci napustili ove krajeve.

Prema svom zemljopisnom položaju i dnevnomigracijskim obilježjima općina Gunja pripada županjskoj Posavini.

Nalazi se s lijeve strane rijeke Save, a mostom je povezana s gradom Brčko u BiH. Najveće je od svih sela Cvelferije.

Po posljednjem popisu stanovništva iz 2001. godine, općina Gunja imala je 5.033 stanovnika, raspoređenih u jednom naselju - Gunji.

Prvi stanovnici u Gunju se doseljavaju početkom 18. stoljeća iz Bosne.
Gunja danas ima 5.033 stanovnika (popis iz 2001.), a broji čak 19 nacionalnosti. Jednu od brojnijih nacionalnih manjina (13,77%) čine Bošnjaci koji imaju u selu sagrađenu i džamiju, pored Zagreba jedinu u Hrvatskoj. Druga najbrojnija nacionalna manjina su Srbi koju čini oko 6,05 % stanovnika

Od sportskih klubova djeluje NK "Jadran" osnovan 1928. godine. Natječe u 1. županijskoj nogometnoj ligi Vukovarsko-srijemske županije.